Motorul de pe Yamaha FZ6 Fazer 2005 este un 599 cc, 4 timpi, 4 cilindri în linie, DOHC, cu 4 supape pe cilindru, derivat din YZF-R6. Dispune de injectie electronică de combustibil, răcire cu lichid, un raport de compresie de \(12.2:1\) și o putere de 98 CP (\(72\text{\ kW}\)), oferind performanțe sportive.